Egy felszín alatti víztest minőségét a felszínről és a felszín alatti közegből származó szennyezők egyaránt veszélyeztetik. A felszínről származó szennyezés mértéke szinte mindenhol nagyobb, emiatt általánosan elmondható, hogy minél mélyebben helyezkedik el egy víztest, a vize annál tisztább. Ugyanakkor különféle szennyező anyagok jelen vannak a felszín alatti közegben is (például kőzetek alkotóásványaiként vagy mesterséges módon kialakított felszín alatti szennyvíztárolókban). A szennyező anyagok szállítóközege leggyakrabban maga a víz, vagyis a felszínről beszivárgó vagy a felszín alatti közegben mozgó víz.

Az alább felsorolt emberi tevékenységek felelősek lehetnek a felszín alatti vizek elszennyezéséért:
- műtrágyák és növényvédő szerek (peszticidek, inszekticidek és herbicidek) nem megfelelő használata;
- nem megfelelően kialakított/ üzemeltetett és fenntartott házi szennyvíztisztító rendszerek;
- nagy volumenű építkezések és bányászat;
- ólom és réz tartalmú házi vízvezetékrendszerek építése;
- szivárgó vagy felhagyott felszín alatti tárolók és csövezések;
- veszélyes háztartási hulladékok nem megfelelő lerakása és tárolása;
- ipartelepekről származó kemikáliák.
A baktériumok és nitrátok jelen vannak az emberi és állati végtermékekben. A fertőtlenítő- és tisztítórendszerek gondos üzemeltetése és a trágya megfelelő kezelése elengedhetetlen a szennyezés megelőzése érdekében. A szemétdombok és egészségügyi hulladéklerakók szintén kockázatot jelentenek. A bakteriális vagy nitrát-szennyezett vizek fogyasztása a gyermekekre, idősekre és immunhiányos állapotban szenvedő felnőttekre nézve a legkárosabb. A nitrátszennyezés egyik fő forrása a mezőgazdasági tevékenységekhez kötött műtrágya és növényvédőszer használat. A bennük lévő kemikáliák a legelővigyázatosabb alkalmazás mellett is jó eséllyel végzik a felszín alatti vizekben, a szennyezés megelőzésének szempontjából a hangsúly itt a mennyiségen van. Bizonyos helyi adottságok, mint a talaj típusa vagy a csapadék mennyisége és időbeli eloszlása szintén befolyásolják a szennyezés mértékét. Sok műtrágya-típus tartalmazza a nitrogén olyan formáit, amelyek lebomlásakor ártalmas nitrátok keletkeznek. Némely felszín alatti mezőgazdasági csatorna-rendszerben összegyűlhetnek a földeken alkalmazott növényvédőszerek és műtrágyák, az így keletkező szennyezett víz pedig bejuthat a helyi vízfolyásokba. Továbbá veszélyesek lehetnek az épületek kártevőmentesítésére használt vegyszerek is.
Az olyan emberi tevékenységek, mint a nagy volumenű építkezések vagy a bányászat, nagy mennyiségben juttathatnak nehézfémeket a felszín alatti vizekbe. Nagy mennyiségű arzén – amely szintén egy nehézfém – származhat olyan gyümölcsösökről, ahol sokáig használtak növényvédőszereket.
Az ipari termelésből származó végtermékek és hulladékok nagy mennyiségben tartalmaznak olyan veszélyes vegyi anyagokat, amelyek nem megfelelő kezelése szintén kockázatot jelent a vízminőségre. Az ilyen típusú szennyezések leggyakoribb forrásai a gyárak, benzinkutak, ruhatisztító üzemek, és a szemétlerakók.
A háztartásokból származó hulladékok szintén veszélyesek lehetnek a felszín alatti vizek szennyezése szempontjából, amennyiben nem megfelelően kivitelezett vagy üzemeltetett házi szennyvíztisztítóban vannak kezelve. Ilyen, a háztartásokból származó vegyi anyagok a festékek, hígítók, mosó- és oldószerek. Gyakori, a háztartási ivóvíz minőségét rontó szennyezőforrásnak számítanak az anyagukban ólmot vagy rezet tartalmazó házi vízcsövek, ha magas szén-dioxid tartalmú, ún. agresszív víz áramlik bennük, ez ugyanis idővel képes kioldani az említett fémeket a cső anyagából, amelyek így megjelenhetnek a csapvízben (ólommérgezés). Abban, hogy a vízvezetékekben folyó víz mennyire korrozív, szerepet játszik tehát a víz kémhatása (pH), hőmérséklete és ásványi anyag tartalma. Ezek a fémek már kis mennyiségben is súlyosan egészségkárosítók – az ólom komoly agy, máj és idegrendszeri károkat okoz, továbbá tömegesen pusztítja a vörösvértesteket.
Néhány gyakori szennyezettségi határérték felszín alatti vizekre:
Réz | 200 µg/l |
Arzén | 10 µg/l |
Szelén | 10 µg/l |
Higany | 1 µg/l |
Ólom | 10 µg/l |
Bór | 500 µg/l |
Nitrát talajvízre | 50 mg/l |
Nitrát felszín alatti vízre a talajvízen kívül | 25 mg/l |
Ammónium | 500 µg/l |
Nitrit | 500 µg/l |
Nátrium | 200 mg/l |
Klorid | 250 mg/l |
A szennyezettségi határértékekről bővebben itt tájékozódhat.